因為星球間的公轉自轉，而使我們生存在有四季變化和晝夜之分的世界裡，或許是長久以來生物因為物競天擇的演進所造成的變化，我們腦部和內分泌漸漸搭上晝夜節奏，自遠古以來在大腦深處烙印下了這些配合光與黑暗的節律變動，這就是所謂的“ 身體時鐘 ”。
由是之故，當我們早上睡醒時，身體便事先準備，也可以說是身體分泌微量的壓力激素以調整到最佳最適合的精神狀態以應付一天的活動。但是當夜幕低垂，眼睛不在接受到光線刺激時，身體會自動調整到休眠放鬆的狀態。這種和地球自轉配合以二十四小時為週期的身體變化，其它生物也俱而有之（也有夜行性動物），因為這是一種原始的生存機制，對人類來說夜晚讓能見度變低也讓被捕食的的機率增加，所以從好幾千年前就產生白天自由活動而晚上睡覺的規律循環，也就是我們常說的“日出而作，日落而息”。
當我們在求學的時候經常為了考試或是玩電動而很晚就寢，醒來時已接近中午，這種習慣經常會造成干擾生理節律造成身體時鐘的紊亂。因本來夜晚來臨時身體已漸漸調適到休息或睡覺的準備，但由於我們大腦有意識抵抗身體疲累，真正就寢時已接近深夜或清晨，甚至隔日的白天都還在睡覺。這時差產生的原理如出一轍會出現同樣情形，明明當地是深夜，但是身體時鐘卻還是原出發地的白天，清醒的大腦讓人輾轉反側難以入眠，紊亂的生理時鐘也同樣會讓你沒有睡眠品質。
然而人體的身體時鐘並非永遠一成不變，它會隨著年齡的增加而改變；尤其是男性中年後就會有比較顯著的變化：一般來說是會比以往想早一點睡覺然後清晨一大早就會醒過來。而女性的變化並不明顯；因此常常太太為了配合先生早睡早起而會有久久睡不著的困擾，這是因為他的身體時鐘還未能調整成同步的緣故。
要瞭解困擾睡眠問題的解決辦法，目前著重在研究時間生物學的發展及身體時鐘的改變。 今天能夠影響身體時鐘的因素是和太陽光線，退黑激素( melatonin )，退黑激素受體 ( melatonin receptor )。 這種睡眠障礙治療的成功與否，端視如何及何時使用照射光模擬太陽光來治療，和藥劑使用的時機是否正確而定。因此有睡眠失調問題的人應好好地和醫師商討可能的原因，除了身體時鐘的因素外其實還有更多的因素（例如：壓力，飲食等）都會造成失眠；務必讓專家來替你治療而不要未經醫師診治而擅自服用藥物。