二代健保指的是對現行健保制度經過深入的檢討後，所提出的制度上改革方案，其主要的精神與重點如下：
二代健保改革核心價值：
一、品質
推動民眾就醫資訊及醫療品質資訊公開化，以增進民眾的選擇能力，進而強化提升醫療品質機制，至於支付制度，則朝向鼓勵提供優良醫療服務的方向改革。
二、公平
按家戶總所得計收保費，擴大計費基礎，低所得的人，可依照現行制度獲得就醫上的保障，而高所得的人，就多負擔一點保險費，另外所得相同的家戶，保費負擔也會相同。
三、效率
被保險人不再區分為六類十四目，民眾在保期間內，縱使有轉換工作或調整薪資等情形，均不用再辦理轉出、轉入、變更投保金額等等異動手續。兩會合一，功能整合，落實收支連動機制。
二代健保修法草案重點：
一、組織體制與社會參與
（一）全民健保監理委員會與全民健保醫療費用協定委員會合併為全民健保監理會。
（二）統一保險收入面和支出面的權力與責任，強化健保財務收支連動的機制。
（三）由各界共同參與之監理會人士決定給付範圍及應負擔之保險費，並依照其決定計算保險費率。
（四）當全民健保監理會在審議或協議訂定保險重要事項，認為需要擴大參與時，得先辦理相關的公民參與活動。
二、保費新制
（一）保險費計算的基礎由薪資所得擴大為家戶總所得。
（二）保險所需總經費由政府、雇主及被保險人分擔，其中政府應分擔的部分，係依一定公式計算其成長率；雇主應分擔的部分，係依一定公式計算，並與被保險人負擔連動；而被保險人部分，則依家戶總所得分擔之。
（三）保險人每年應將被保險人保險費的上、下限、應收保費的保險費率及雇主分擔的調整平均比率，在經過全民健保監理會審議之後，送請主管機關轉報行政院核定後公告。
（四）保險對象不再區分為6類14目，而係簡單分為二類。
（五）被保險人只須辦理投保及退保作業，在保期間就算有轉換工作或調整薪資的情況，都不必再辦理轉入、轉出、變更投保金額等等的異動手續。
（六）變更保險經費、保險費之扣繳、繳納、結算及補（退）程序，採就源扣繳，次年結算的方式。
三、醫療品質與資訊揭露
（一）為確保全民健保的醫療品質，保險人及保險醫事服務機構應該定期公開和健保有關的醫療品質資訊。
（二）強化論質計酬及醫療科技評估的運用。
（三）建立「醫療服務給付項目及支付標準」與「藥物給付項目及支付標準」訂定方式及流程。
（四）規定一定規模以上的保險醫事服務機構應該提供與健保有關的財務報告，並由保險人公開。
四、其他
（一）在海外居住超過一定時間的民眾，回國就醫必須要有合格期。
（二）為增加民眾就醫的選擇，訂定差額負擔，但實施的時間及品項，會送請全民健保監理會討論。
（三）健保費補助款改由中央政府負擔。
（四）獎勵全民共同監督，維護制度運行與資源運用。